Hodowla łososia spotkała się z krytyką za szkodliwość dla środowiska. Wiele łososi hodowanych jest w kojcach siatkowych, które umożliwiają rozprzestrzenianie się odpadów rybnych, chemikaliów i produktów ubocznych rolnictwa. Istnieje również zagrożenie patogenami, które mogłyby się rozwijać w zatłoczonych zagrodach i uciekać, aby zaszkodzić naturalnym populacjom ryb. Jedną chorobę, zakaźną anemię łososia, uważano kiedyś za problem wyłącznie dla łososia atlantyckiego hodowlanego. Nowe badanie przeprowadzone przez grupę naukowców z Uniwersytetu Simona Frasera w Kolumbii Brytyjskiej wykazało, że ten wirus grypy infekuje naturalnie występujące populacje łososia.
Zakaźną anemię łososia zaobserwowano po raz pierwszy w 1984 r. I najczęściej występuje w przeludnionych, brudnych kojcach łososiowych. Jak sama nazwa wskazuje, wirus powoduje niedokrwistość, stan, w którym organizm nie ma wystarczającej ilości zdrowych czerwonych krwinek, aby dostarczyć tlen do swoich tkanek. Zainfekowane ryby mogą wykazywać objawy - takie jak blade skrzela i utrata apetytu - lub na zewnątrz mogą wydawać się całkowicie w porządku. Chociaż choroba nie stwarza żadnego zagrożenia dla ludzi, może zniszczyć 70% populacji łososia hodowlanego.
Po raz pierwszy chorobę wykryto u dzikich ryb u wybrzeży Ameryki Północnej. Po zaobserwowaniu spadku populacji łososia u wybrzeży Kolumbii Brytyjskiej naukowcy zebrali 48 próbek do badań i odkryli dwie młode ryby zakażone tą chorobą. Chociaż obecnie nie ma dowodów, aby definitywnie powiązać hodowlę ryb z obecnością anemii łososiowej w dzikich populacjach, mogą mieć druzgocące konsekwencje, nie tylko dla branży rybackiej, ale dla dzikiej przyrody, która zależy od łososia jako pożywienia. „To nagły przypadek choroby”, powiedział James Winton, dyrektor działu zdrowia ryb US Geological Survey, w wywiadzie dla Associated Press. „Jesteśmy zaniepokojeni. Jeśli zostanie wprowadzony, może być w stanie dostosować się do łososia pacyficznego. ”