Indonezja jest zapomnianym miejscem narodzin profesjonalnej paleoantropologii. W Europie w połowie XIX wieku naukowcy po raz pierwszy odkryli wymarły gatunek hominidów: neandertalczycy. Właściwie dokładniej jest powiedzieć, że skamieliny neandertalczyka zostały odnalezione przez świeckich ludzi, którzy następnie zwrócili na nie uwagę znanych anatomów. Dopiero w 1890 r. Naukowiec udał się na pole w poszukiwaniu kości hominidów. Eugene Dubois, holenderski lekarz medycyny, udał się do Indonezji, a następnie holenderskiej kolonii, w poszukiwaniu ludzkich przodków. W 1891 r. Odkrył skamieliny Homo erectus i uczynił z polowania hominidów właściwe przedsięwzięcie - i uczynił z Azji miejsce dla paleoantropologów.
Trinil: Odkrycia Dubois miały miejsce w pobliżu wioski Trinil w środkowej Jawie. Jego pierwszym znaleziskiem była jarmułka, znana do tej pory od 700 000 do 1 miliona lat temu. Czaszka wyglądała jak ludzka, ale miała grube kości, ciężkie brwi i niskie, opadające czoło. Rok później, w 1892 r., Dubois odzyskał prawie kompletną kość udową, która wyglądała prawie nowocześnie. Uznał, że kości należą do wymarłego gatunku, który był „brakującym ogniwem” między małpami a ludźmi. Nazwał gatunek Pithecanthropus erectus („wyprostowany człowiek małpy”). Czasami nazywany Javą, dzisiejszy gatunek nazywa się Homo erectus .
Ngandong: holenderscy badacze odkryli więcej skamielin H. erectus, reprezentujących 15 osobników, na Jawie w latach 30. XX wieku w pobliżu wioski Ngandong nad rzeką Solo na Jawie. Do niedawna paleoantropologowie uważali, że kości Ngandong reprezentują bardzo niedawną populację H. erectus . Sądzi się, że być może od 30 000 do 50 000 lat temu, hominidy mogły być współczesnymi neandertalczykom i współczesnym ludziom żyjącym w Europie i Azji Zachodniej. Jednak nowsze badania terenowe i analizy dat wskazują, że hominidy z Ngandong żyły znacznie wcześniej, między 143 000 a 546 000 lat temu.
Mojokerto: W 1936 r. Asystent współpracujący z holenderskim Geological Survey odkrył częściową jarmułkę dwu- lub trzyletniego dziecka we wschodniej Jawie. Członek zespołu Ralph von Koenigswald, niemiecki paleontolog, uznał czaszkę za należącą do wczesnego hominida, H. erectus . Chociaż w ostatnich latach kwestionowano dokładną lokalizację, a tym samym wiek skamielin, naukowcy ogólnie sądzą, że czaszka Mojokerto pochodzi z około 1, 8 miliona lat temu. To sprawia, że jest to jedna z najstarszych kości hominidów, jakie kiedykolwiek znaleziono poza Afryką.
Sangiran: W latach 1937–1941 von Koenigswald znalazł dodatkowe skamieliny H. erectus w miejscu Sangiran w środkowej Jawie. Znaleziono trzy częściowe czaszki, częściowe szczęki i dziesiątki izolowanych zębów. Skamieliny te, sprzed ponad miliona lat, pomogły potwierdzić ważność statusu gatunkowego H. erectus . Dziś turyści mogą odwiedzić stanowisko kopalne, w którym znajdują się trwające wykopaliska, a także muzeum.
Flores: Ostatnie odkrycie hominidów w Indonezji było wielkim szokiem. W 2004 r. Grupa badaczy z Indonezji i Australii ogłosiła, że znaleźli niezwykłą kolekcję skamielin na indonezyjskiej wyspie Flores. Kości należały do hominida o małych mózgach, który miał mniej niż cztery stopy wysokości i ważył mniej niż 70 funtów - a jednak niektóre skamieliny miały zaledwie 17 000 lat. Naukowcy zdecydowali, że „Hobbit” należy do nowego gatunku, Homo floresiensis . Po przybyciu na wyspę przodka gatunku, być może H. erectus, hominid ewoluował, by być mniejszym, co było adaptacją do życia na małej wyspie. Krytycy twierdzą jednak, że Hobbit jest w rzeczywistości współczesnym człowiekiem z pewnym zaburzeniem wzrostu.
